Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej

Kierownik Pracowni: dr n. biol. Katarzyna Semczuk

Lokalizacja: budynek A, piętro I

Sekretariat tel: +48 22 815 72 70

Sekretariat fax: +48 22 815 72 75

Pracownia tel: +48 22 815 72 68 (lub 72-69 lub 72-72 lub 72-66)

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl 

Profil działalności:

Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej zajmuje się diagnostyką zakażeń o etiologii wirusowej, bakteryjnej oraz grzybiczej. Badania diagnostyczne prowadzone są w oparciu o metody klasyczne, tj. bakterioskopię, hodowlę bakterii na podłożach stałych i płynnych w warunkach tlenowych, mikroaerofilnych oraz beztlenowych. Prowadzona jest również hodowla w kierunku chorobotwórczych grzybów drożdżopodobnych oraz pleśniowych. Do diagnostyki wykorzystywane są również metody: spektrometrii masowej, metody automatyczne, immunochromatograficzne, immunoenzymatyczne, lateksowe.  

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej prowadzona jest:

• Diagnostyka zakażeń inwazyjnych przebiegających z zakażeniem łożyska naczyniowego – posiewy krwi wykonywane są w automatycznym systemie BD Bactec FX200 i BD Bactec FX40;
• Diagnostyka sepsy z wykorzystaniem aparatu T2 Biosystems.
• Diagnostyka zakażeń ośrodkowego układu nerwowego (posiewy płynu mózgowo-rdzeniowego, preparaty barwione metodą Grama);
• Diagnostyka zakażeń układu oddechowego (posiewy materiałów pobieranych z górnych i dolnych dróg oddechowych: wymazy z gardła, aspiraty z zatok, płyny i wymazy z ucha, plwociny, popłuczyny z drzewa oskrzelowego, aspiraty tchawicze, płyny z opłucnej)
• Diagnostyka zakażeń skóry i tkanek miękkich, miejsca operowanego (materiały z ran różnego pochodzenia, materiały pobierane śródoperacyjne, wycinki, bioptaty, treści z drenaży);
• Diagnostyka zakażeń związanych z cewnikiem naczyniowym i innymi biomateriałami (posiewy metodą ilościową i półilościową);
• Diagnostyka zakażeń układu moczowego (ilościowe posiewy moczu);
• Diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego o etiologii wirusowej oparta na wykrywaniu bezpośrednio w kale antygenów wirusów (Rota/Adeno, Noro) oraz bakteryjnej oparta na hodowli (min. Salmonella/Shigella, Yersinia spp., enteropatogennych E. coli oraz Campylobacter spp.).  
• Diagnostyka zakażeń CDI (Clostridioides difficile infection) oparta na wykrywaniu bezpośrednio w kale antygenu GDH oraz toksyn A i B oraz na hodowli Clostridioides difficile.
• Diagnostyka zakażeń Helicobacter pylori oparta na hodowli z bioptatów pobranych z błony śluzowej żołądka wraz z oznaczaniem lekowrażliwości.
• Diagnostyka nosicielstwa lekoopornych szczepów, tzw. patogenów alarmowych: MRSA (S.aureus opornego na metycylinę), VRE (Enterococcus faecium/faecalis opornego na wankomycynę/teikoplaninę), ESBL (pałeczki Gram-ujemne wytwarzające enzymy typu ESBL), CPO (pałeczki Gram-ujemne oporne na karbapenemy - KPC, MBL, OXA-48) oraz Streptococcus agalactiae.

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej wykonywane są również:

• badania wymazów środowiskowych
• kontrole jałowości płynów infuzyjnych i mieszanin do żywienia pozajelitowego;
• kontrole jałowości sporali; (Instrukcja i zlecenie - pliki do ściągnięcia)
• badania jałowości homograftów.

Identyfikacja drobnoustrojów prowadzona jest z zastosowaniem metod fenotypowych, techniką spektrometrii masowej (MALDI-TOF) oraz testów lateksowych i metod molekularnych.

Lekowrażliwość oznaczana jest metodami jakościowymi (dyfuzyjno-krążkową wg. EUCAST) i ilościowymi (z zastosowaniem pasków z gradientem stężeń, metodą MICstrip) oraz metodą automatyczną (z użyciem aparatu Phoenix i ARIS HIQ oraz dRAST) zgodnie z zaleceniami EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) oraz KORLD (Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów).

Linki do tabel z rekomendacjami: 

https://eucast.org/clinical_breakpoints

http://korld.nil.gov.pl

Definicje, skróty, symbole stosowane przy oznaczaniu lekowrażliwości:

• MRSA - (ang. methicyllin-resistant Staphylococcus aureus) - Gronkowiec złocisty oporny na metycylinę;
• MRCNS - (ang. methicyllin-resistant coagulase-negative Staphylococcus) – metycylinooporny gronkowiec koagulozo-ujemny;
• VRSA/VISA - (ang. vancomycin-resistant Staphylococcus aureus) – Gronkowiec złocisty oporny na wankomycynę (VR)/z obniżoną wrażliwością na wankomycynę;
• VRE - (z ang. Vancomycin-Resistant Enterococcus) – Enterokoki z nabytą opornością na glikopeptydy (najczęściej na wankomycynę, czasem na dodatkowo na teikoplaninę);
• HLAR Ge - (ang. high-level aminoglycoside resistance) – nabyta oporność na wysokie stężenia aminoglikozydów (np. gentamycyny) - dotyczy głównie Enterococcus, Streptococcus;
• Fenotyp MLSB – mechanizm oporności obejmujący makrolidy, linkozamidy oraz streptograminy B;
• Fenotyp M - mechanizm oporności obejmujący wyłącznie makrolidy;
• ESBL - (z ang. extended-spectrum beta-lactamases) – β-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania;
• AmpC – chromosomalna cefalosporynaza;
• CPO – (ang. Carbapenemase-producing Organisms) – drobnoustroje wytwarzające karbapenemazy;
• CPE (z ang. carbapenemase-producing Enterobacteriaceae) – pałeczki Enterobacterales produkujące karbapenemazy;
• KPC (ang. Klebsiella pneumoniae carbapenemase) – karbapenemaza klasy A;
• MBL - (z ang. metallo-β-lactamases) – karbapenemaza klasy B (metalobetalaktamaza);
• NDM (ang. New Delhi Metallo-beta-lactamase) – jedna z typów MBL karbapenemazy klasy B;
• VIM (ang. Verona Integron-Mediated Metallo-β-lactamase) – jeden z typów MBL karbapenemazy klasy B;
• IMP – karbapenemaza, jeden z typów MBL karbapenemazy klasy B;
• OXA – (oxacillinase) - karbapenemazy klasy D; np. OXA-48;
• MDR – (ang. multidrug resistance) – wielolekooporność – oporność na co najmniej dwie różne grupy leków;
• PDR (ang. pandrug-resistant) - oporne na wszystkie dostępne preparaty.

Wysoką jakość prowadzonych badań zapewnia udział w kontrolach zewnętrznych: krajowych tj. Polmicro – w zakresie identyfikacji, lekowrażliwości i mechanizmów oporności na leki bakteryjnych i grzybiczych czynników etiologicznych zakażeń oraz międzynarodowych tj. Labquality – w zakresie diagnostyki zakażeń bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz oznaczania lekowrażliwości i wykrywania mechanizmów oporności i UK NEQAS – w zakresie oznaczania lekowrażliwości.

Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej uczestniczy również w badaniach naukowych i klinicznych. Zajmujemy się także testowaniem nowych metod i innowacyjnych technologii z zakresu diagnostyki mikrobiologicznej.

Wszystkich chętnych do współpracy w ramach prowadzonych badań diagnostycznych

i współpracy naukowej serdecznie zapraszamy.

Tel: +48 22 815 72 68

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl

Badania komercyjne

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej możliwe jest odpłatne wykonanie unikatowego badania: Posiew bioptatu (wycinka) z błony śluzowej żołądka w kierunku Helicobacter pylori. Badanie obejmuje hodowlę i wykonanie antybiogramu (lekowrażliwości).

Więcej informacji na temat badania: plik do ściągnięcia (Badanie mikrobiologiczne w kierunku Helicobacter)

Ze względu na unikatowy charakter badania, przed dostarczeniem materiału konieczny jest wcześniejszy kontakt telefoniczny z Pracownią DM (tel. 22 815 72 72 lub 22 815 72 69)

Materiał do badania przyjmowany jest od poniedziałku do piątku w godzinach:

od 8:00 do 15:00 w Rejestracji Zakładu Mikrobiologii i Immunologii Klinicznej bud. A I piętro.

Wykaz badań komercyjnych wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej:

• Posiew wymazu z gardła w kierunku paciorkowców chorobotwórczych (angina, zapalenie gardła).
• Posiew ilościowy moczu w kierunku bakterii tlenowych.
• Posiew materiału w kierunku bakterii tlenowych (np. plwocina, wymaz z rany/ropnia/ze spojówki oka/treść z zatok przynosowych/wymaz z pochwy).
• Posiew materiału w kierunku bakterii beztlenowych (materiały z rany/ropnia).
• Posiew materiału w kierunku mikologicznym (grzybiczym)
• Badanie kału – posiew (bakteryjna etiologia biegunki: Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, biegunkotwórcze E. coli EPEC/EHEC).
• Badanie kału w kierunku Clostridioides difficile (wykrywanie antygenu i toksyn).
• Badanie kału w kierunku wirusów biegunkowych (wykrywanie antygenów rota-, adeno-, norowirusów).
• Badanie w kierunku kolonizacji szczepami lekoopornymi (wymaz z nosa/gardła/odbytu w kierunku tzw. patogenów alarmowych: MRSA/MSSA, VRE, ESBL, CPE).
• Posiew bioptatu (wycinka) z błony śluzowej żołądka w kierunku Helicobacter pylori.
• Badanie jałowości sporali. (Instrukcja i zlecenie - pliki do ściągnięcia)

Instrukcje pobrania materiału – pliki do ściągnięcia:

Instrukcja pobierania moczu na posiew

Instrukcja pobierania próbki kału lub wymazu z odbytu w diagnostyce biegunek

Instrukcja pobierania wymazu z gardła

Instrukcja Pobierania wymazu z nosa lub wymazu z odbytu

Instrukcja pobierania plwociny

Instrukcja pobierania wymazu z ucha zewnętrznego 

Instrukcja pobierania wymazu z oka

Instrukcja dostarczania sporali

Aktualne ceny oraz instrukcje dotyczące sposobu opłaty za badania znajdują się na stronie Instytutu w wyszukiwarce badań płatnych:  http://files.ipczd.pl/

OGÓLNE ZASADY DOTYCZĄCE POBIERANIA MATERIAŁÓW DO BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH WYKONYWANYCH KOMERCYJNIE:

• Materiał do badań mikrobiologicznych powinien być pobrany przed rozpoczęciem leczenia antybiotykowego, najlepiej po konsultacji z lekarzem;
• W przypadku braku poprawy po leczeniu antybiotykowym materiał należy pobierać minimum 3- 4 dni po ostatniej dawce antybiotyku;
• Przed pobraniem materiału należy zapoznać się z uwagami dotyczącymi pobierania, transportu, przechowywania materiału, a w przypadku wątpliwości skonsultować się z diagnostą laboratoryjnym, mikrobiologiem (Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej tel. 22 815 72 69 lub 22 815 72 72);
• Pobrany materiał należy dokładnie opisać danymi pacjenta (imię i nazwisko, PESEL, data i godzina pobrania materiału);
• Do każdego materiału należy wypełnić formularz zlecenia na badanie (zlecenie dla pacjenta wykonującego płatne badanie mikrobiologiczne – plik do ściągnięcia – Informacje_o_pacjencie_wykonującym_badanie płatne)

Wszystkich chętnych do współpracy w ramach prowadzonych badań diagnostycznych

lub współpracy naukowej serdecznie zapraszamy. Prosimy o kontakt:

Tel: +48 22 815 72 68

Adres e-mail: diagnostyka.mikrobiologia@ipczd.pl

Lista badań wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej - plik

Instrukcje dotyczące zlecania, pobierania, transportu i przechowywania badań wykonywanych w Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej dostępne są w Intranecie w Procesie X -Medyczna Diagnostyka Laboratoryjna

Link do procesu X: http://intranet.czd.pl/index.php?option=com_content&view=article&id=137:proces-x-medyczna-diagnostyka-laboratoryjna&catid=57:procesy&Itemid=77