Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej


Kierownik: dr n. biol. Katarzyna Semczuk

Lokalizacja: budynek A, piętro I, pokój: 109, 114, 115, 116, 117, 119

Sekretariat tel: +48 22 815 72 70

Sekretariat fax: +48 22 815 72 75

Adres e-mail: mikrobiologia@ipczd.pl


Profil działalności:

 

Pracownia Diagnostyki Mikrobiologicznej zajmuje się diagnostyką zakażeń o etiologii wirusowej, bakteryjnej oraz grzybiczej.

Badania diagnostyczne prowadzone są w oparciu o metody klasyczne, tj. preparaty bezpośrednie i barwione metodą Grama, hodowlę bakterii na podłożach stałych i płynnych w warunkach tlenowych, mikroaerofilnych oraz beztlenowych. Prowadzona jest również hodowla w kierunku grzybów drożdżopodobnych oraz pleśniowych. Do diagnostyki wykorzystywane są również metody: spektrometrii masowej,  automatyczne, immunochromatograficzne, immunoenzymatyczne, lateksowe.  

 

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej prowadzona jest:

  • Diagnostyka zakażeń inwazyjnych przebiegających z zakażeniem łożyska naczyniowego – posiewy krwi wykonywane są w automatycznym systemie BD Bactec FX200 i BD Bactec FX40;
  • Diagnostyka zakażeń ośrodkowego układu nerwowego (posiewy płynu mózgowo-rdzeniowego, preparaty barwione metodą Grama);
  • Diagnostyka zakażeń układu oddechowego (posiewy wymazów z gardła, aspiratu z zatok, płynu i wymazu z ucha, plwociny, popłuczyn z drzewa oskrzelowego - BAL, płynu z opłucnej, wykrywanie wirusa RSV w BAL-u, wymazach z nosa);
  • Diagnostyka zakażeń skóry i tkanek miękkich, miejsca operowanego (aspiraty i wymazy z ran różnego pochodzenia, materiały pobierane śródoperacyjne, wycinki, bioptaty, treści z drenaży, wymazy z pępka, okolic gastrostomii);
  • Diagnostyka zakażeń związanych z cewnikiem naczyniowym i innymi biomateriałami (posiewy cewników metodą ilościową i półilościową, implanty, zastawki, drenów dokomorowych, protezy i in.);
  • Diagnostyka zakażeń układu moczowego (ilościowe posiewy moczu);
  • Diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego o etiologii:
  • wirusowej opartej na wykrywaniu antygenów bezpośrednio w kale ( wirusy Rota/Adeno, Noro).bakteryjnej oparta na hodowli bakterii tlenowych min. Samlonella/Shigella, enteropatogenne E. coli, Yersinia spp.  
  • Diagnostyka zakażeń CDI oparta na wykrywaniu bezpośrednio w kale antygenu GDH oraz toksyn A i B oraz na hodowli Clostridioides difficile.
  • Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Helicobacter pylori z bioptatów błony śluzowej żołądka oraz Campylobacter spp. z próbek kału oparta na hodowli wraz z oznaczaniem lekowrażliwości.
  • Diagnostyka nosicielstwa MRSA (S.aureus opornego na metycylinę), VRE (Enterococcus faecium/faecalis opornego na wankomycynę/teikoplaninę), ESBL (pałeczki Gram-ujemne wytwarzające enzymy typu ESBL), CPO (pałeczki Gram-ujemne oporne na karbapenemy - KPC, MBL, OXA-48) oraz Streptococcus agalactiae.
  • Diagnostyka zakażeń o etiologii beztlenowej oparta na hodowli, identyfikacji i oznaczaniu lekowrażliwości bakterii beztlenowych.
  • Diagnostyka zakażeń grzybiczych oparta na hodowli i oznaczaniu lekowrażliwości grzybów drożdżopodobnych i pleśniowych.

W pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej wykonywane są również:

  • badania wymazów środowiskowych (czystości mikrobiologicznej powierzchni), badanie czystości mikrobiologicznej powietrza metodą sedymentacyjną i zderzeniową)
  • kontrole jałowości płynów infuzyjnych i mieszanin do żywienia pozajelitowego;
  • kontrole jałowości sporali;
  • badania jałowości homograftów;

Identyfikacja drobnoustrojów prowadzona jest z zastosowaniem metod automatycznych (VITEK2), techniką spektrometrii masowej (MALDI-TOF, Bruker) oraz testów lateksowych i metod molekularnych.

 

Lekowrażliwość oznaczana jest metodami jakościowymi (dyfuzyjno-krążkową wg. EUCAST) i ilościowymi (z zastosowaniem pasków z gradientem stężeń wg. EUCAST i CLSI) oraz metodą automatyczną (z użyciem aparatu Phoenix i VITEK2).

 

Wysoką jakość prowadzonych badań zapewnia udział w kontrolach zewnętrznych: krajowych tj. Polmicro – w zakresie identyfikacji, lekowrażliwości i mechanizmów oporności na leki bakteryjnych i grzybiczych czynników etiologicznych zakażeń i międzynarodowych tj. Labquality – w zakresie diagnostyki zakażeń bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych oraz oznaczania lekowrażliwości i wykrywania mechanizmów oporności i UK NEQAS– w zakresie oznaczania lekowrażliwości.

W Pracowni Diagnostyki Mikrobiologicznej prowadzona jest również działalność naukowa, w tym współpraca z licznymi ośrodkami krajowymi oraz zagranicznymi. Pracownia współpracuje także z firmami zewnętrznymi między innymi przy testowaniu innowacyjnych technologii w zakresie diagnostyki mikrobiologicznej.

 

Lekowrażliwości drobnoustrojów oznaczana i interpretowana jest w oparciu o rekomendacje EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing).

 

 

Kategorie wrażliwości są skorelowane z dawkowaniem leków, właściwościami  farmakokinetycznymi i farmakodynamicznymi leków dystrybucją wartości MIC dla szczepów dzikich danymi klinicznym.

 

Link do tabeli z rekomendacjami: https://eucast.org/clinical_breakpoints

http://korld.nil.gov.pl

 

Definicje, skróty, symbole stosowane przy oznaczaniu lekowrażliwości

 

  • MRSA - (ang. methicyllin-resistant Staphylococcus aureus) - Gronkowiec złocisty oporny na metycylinę;
  • MRCNS - (ang. methicyllin-resistant coagulase-negative Staphylococcus) – metycylinooporny, koagulozo-ujemny;
  • VRSA/VISA - (ang. vancomycin-resistant Staphylococcus aureus) – Gronkowiec złocisty oporny na wankomycynę (VR)/z obniżoną wrażliwością na wankomycynę;
  • VRE - (z ang. Vancomycin-Resistant Enterococcus) – Enterokoki z nabytą opornością na glikopeptydy (najczęściej na wankomycynę, czasem na dodatkowo na teikoplaninę);
  • HLAR Ge - (ang. high-level aminoglycoside resistance) – nabyta oporność na wysokie stężenia aminoglikozydów (np. gentamycyny); dotyczy głównie Enterococcus, Streptococcus.
  • Fenotyp MLSB – mechanizm oporności obejmujący makrolidy, linkozamidy oraz Streptograminy B.
  • Fenotyp M - mechanizm oporności obejmujący wyłącznie makrolidy.
  • ESBL - (z ang. extended-spectrum beta-lactamases) – β-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania;
  • AmpC – chromosomalna cefalosporynaza.
  • CPO – (ang. Carbapenemase-producing Organisms) – drobnoustroje wytwarzające karbapenemazy;
  • CPE (z ang. carbapenemase-producing Enterobacteriaceae) – pałeczki Enterobacterales produkujące karbapenemazy;
  • MBL - (z ang. metallo-β-lactamases) – karbapenemazy; enzymy metalo-betalaktamazy hydrolizujące wiązanie β-laktamowe w cząsteczce karbapenemów;
  • KPC (ang. Klebsiella pneumoniae carbapenemase) – karbapenemaza klasy A.
  • NDM (ang. New Delhi Metallo-beta-lactamase) – karbapenemaza klasy B; metalobetalaktamaza.
  • VIM (ang. Verona Integron-Mediated Metallo-β-lactamase) - karbapenemaza klasy B; metalobetalaktamaza.
  • IMP - karbapenemaza klasy B; metalobetalaktamaza.
  • OXA – (oxacillinase) - karbapenemazy klasy D; np. OXA-48
  • MDR – (ang. multidrug resistance or multiresistance is antimicrobial) – wielolekooporność – oporności na co najmniej dwie różne grupy leków.
  • PDR (ang. pandrug-resistant) - oporne na wszystkie dostępne preparaty.

W zakażeniach bakteryjnego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych zachęcamy do korzystania z usług Krajowego Ośrodka Referencyjnego ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego (KOROUN).

W KOROUN wykonywane są badania bezpośrednio w materiałach klinicznych (płyn mózgowo-rdzeniowy, krew, surowica oraz materiałach uzyskanych post mortem) wykrywania gatunkowo-specyficznych sekwencji DNA w reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) oraz Real-Time PCR (RT-PCR) dla następujących gatunków bakterii:

  • Listeria monocytogenes;
  • Neisseria meningitidis;
  • Streptococcus pneumoniae;
  • Haemophilus influenzae;
  • Streptococcus pyogenes;
  • Streptococcus agalactiae;

https://koroun.nil.gov.pl

Na stronie dostępne są instrukcje pobierania, transportu i zasad przesyłania materiałów do badań.

wyrażam zgodę

Ta strona używa plików cookies w celu zapewnienia poprawnego i spersonalizowanego działania. Odwiedzając tę strone zgadzasz się na wykorzystywanie cookies. Szczegółowe informacje o tym, w jaki sposób używane są pliki cookies, a także w jaki sposób można je zablokować lub usunąć znajdziesz w naszej Polityce Prywatności.